As origens do CENB remontam ao grupo Doyōkai (Grupo Sábado), formado logo após o término da Segunda Guerra Mundial por alguns membros da intelectualidade japonesa radicados no Brasil.
O Doyōkai tinha por principal objetivo lançar-se ao estudo da cultura e da sociedade brasileiras e, nesse contexto, situar o fenômeno da imigração japonesa, sobre o que então edificar-se-iam ideias que norteassem suas vidas e ações. A esse fim esclarecedor prestou-se a revista confeccionada pelo grupo, Jidai (Éra), cujo último número (o décimo sexto) veio a lume em março de 1953.
Em seguida, criou-se, por obra de alguns membros do Doyōkai,
o Círculo de Estudos de Ciências Humanas de São Paulo, antecessor do atual Centro de Estudos Nipo-Brasileiros. As atividades desse grupo concentravam-se sobre as áreas de investigação de história e sociologia do Brasil, além de buscar maior compreensão sobre as populações de origem japonesa neste país; encontros periódicos eram realizados a fim de discutirem-se os temas pesquisados (os resultados dessas pesquisas foram publicados nos quatro volumes que compõem a
série ¨Caderno de Estudos Brasileiros¨).
As atividades do Círculo de Estudos prosseguiram durante quinze anos ininterruptos, até à criação do atual Centro de Estudos Nipo-Brasileiros, em março de 1965, sendo esse o fruto natural do curso evolutivo da antiga entidade.
O Centro de Estudos Nipo-Brasileiros foi responsável pela formação de diversos pesquisadores, tais como os já falecidos
Hiroshi Saitō (sociólogo, ex-professor da Universidade de São Paulo) e
Teiichi Suzuki (ex-professor da Universidade de São Paulo, primeiro presidente da Casa de Cultura Japonesa-USP), bem como
Prof. Takashi Maeyama (antropólogo, ex-professor da Universidade de Shizuoka), Chiyoko Mita (professora da Universidade Sofia/antropologia social) e
Kōichi Mori(antropólogo, professor da Universidade de São Paulo), todos pesquisadores destacados em seus respectivos campos de estudo. O objetivo por trás da transformação do “Círculo de Estudos” em “Centro de Estudos” era assinalar a mudança do enfoque que se adotava, isto é, de “estudos brasileiros” para “estudos sobre imigração japonesa e temas afins” (tema não-raro visto com desatenção ou menosprezo).